เซนมีความเชื่อว่าตนสืบสายมาจากพระมหากัสสปะ โดยได้รับการถ่ายทอดธรรมะด้วยวิถีแห่ง "จิตสู่จิต" และรับมอบบาตร จีวร สังฆาฏิ ของพระพุทธเจ้าเป็นสัญลักษณ์สำคัญของตำแหน่ง (ความเป็นมาของนิกายได้ท้าวความไปถึงครั้งพุทธกาล คือ เมื่อพระศาสดาประทับอยู่ ณ ภูเขาคิชฌกูฎ ทรงชูดอกไม้ขึ้นดอกหนึ่งท่ามกลางธรรมสภา โดยมิได้ตรัสอะไรเลย ที่ประชุมไม่มีผู้ใดเข้าใจความหมาย เว้นแต่พระมหากัสสปนั่งยิ้มน้อยๆ อยู่ พระศาสดาจึงตรัสว่า กัสสป ตถาคตมีธรรมจักษุได้ และนิพพานจิต ตถาคตมอบหมายให้แก่เธอ ณ บัดนี้ และได้มอบบาตรและจีวรให้พระมหากัสสป เซ็นจึงเคารพพระกัสสปว่า ผู้ให้กำเนิดนิกาย พระอานนท์เป็นองค์ที่ 2 หลังจากที่ การสังคายนาพระไตรปิฎกเสร็จสิ้นลงแล้ว พระมหากัสสปจึงได้มอบบาตรและจีวรของพระพุทธเจ้าให้แก่พระอานนท์)
เซนอยู่ในฝ่ายมหายาน แต่มีความคล้ายคลึงกับเถรวาทในสายพระป่า คือไม่นิยมสิ่งศักดิ์สิทธิ์ อิทธิฤทธิ์ปาฏิหารย์ แต่จะเน้นการฝึกปฏิบัติ ฝึกการใช้ปัญญา และสมาธิ เพื่อให้ เกิดพุทธิปัญญาจนเข้าใจหลักธรรมด้วยตนเอง
จุดมุ่งหมายของเซ็น คือการตระหนักรู้ในพุทธภาวะ การบรรลุธรรมในแบบเซ็นจะเรียกว่า "ซาโตริ" หรือภาวะรู้แจ้ง ซึ่งเป็นภาวะที่ อวิชชา ตัณหา อุปทาน หายไป เมื่อบรรลุแล้วก็จะเข้าสู่ความหลุดพ้น ทุกสิ่งกลายเป็นสุญญตา หรือ "ความว่าง" ปราศจากความยึดมั่นถือมั่น แม้แต่พระนิพพาน ไม่มีพิธีกรรม ไม่มีขั้นตอน ไม่ยึดตามพระไตรปิฏก ไม่สามารถอธิบายความจริงได้ทั้งหมด
สัญลักษณ์ของเซ็น คือ วงกลมลายเส้นพู่กันจีน หมายถึง ความว่าง
(1) ความจริงสูงสุดไม่สามารถแสดงออกได้ด้วยคำพูด ดังคำที่ว่า "เซ็นคือ การส่งมอบพิเศษนอกคัมภีร์ ไม่ต้องอาศัยคำพูดหรือตัวหนังสือ" ซึ่งตรงกับความคิดหลักของปรัชญาเต๋าที่ว่า "เต๋าเป็นสิ่งที่ไม่อาจเรียกได้ด้วยคำพูด เต๋าที่เรียกได้ด้วยคำพูดไม่ใช่เต๋าที่แท้จริง" และ "ผู้พูดไม่รู้ ผู้รู้ไม่พูด"
(2) การฝึกฝนในทางธรรมคือการขจัดความคิดปรุงแต่ง ความคิดเกี่ยวกับตัวตน การคิดแบบแบ่งแยก รวมถึงการท่องพระสูตร การประกอบพิธีต่างๆเกิดจากความคิดปรุงแต่ง เราพึงเฝ้าดูและหมั่นขจัดกระแสแห่งความคิดปรุงแต่งจึงจะเป็นการปฎิบัติธรรมที่แท้จริง
(3) การทำงานในชีวิตประจำวันด้วยความมีสติเป็นการปฏิบัติธรรมวิธีหนึ่ง พุทธภาวะอาจพบได้ในทุกเวลาและทุกแห่ง และการรู้แจ้งในความหมายของเซ็น ก็มิได้หมายถึงการปลีกตัวจากภารกิจทางโลกไปออกบวช เซ็นคือประสบการณ์ในชีวิตประจำวัน และการปฏิบัติกิจประจำวันอย่างผู้ที่ตื่นอยู่ทุกขณะจิต
(4) ผลบั้นปลายไม่มีอะไรใหม่ การรู้แจ้งในธรรมชาติแห่งความเป็นพุทธะของตน ความรู้สึกถึงเอกภาพเป็นหนึ่งเดียวกับสรรพสิ่งทั้งมวลไม่ใช่สิ่งใหม่หรือพิเศษแต่อย่างใด เป็นเพียงการรู้แจ้งถึงสิ่งที่อยู่ในตัวเรามาตลอดเวลาเท่านั้น เมื่อขจัดตัวตนที่ปรุงแต่งออกไป เมื่อสิ้นอวิชชา มาสู่ภาวะของความตื่น พุทธภาวะจะปรากฎขึ้นเอง
(5) คำสอนทั้งหลายไม่มีความสำคัญมากนัก คำพูด ความคิด คำสอน ลัทธิ ไม่มีความหมาย ตราบใดที่ยังยึดติดในสิ่งเหล่านี้ก็ยังไม่อาจรู้แจ้งได้ สิ่งสำคัญที่สุดมีเพียง ประสบการณ์ของความตื่นเท่านั้น
วิธีการปฏิบัติเซ็น แบ่งได้เป็น 3 ประการ
1) ซาเซ็น (Zazen) หมายถึงการนั่งสมาธิอย่างสงบและเพ่งสมาธิ
2) ซันเซ็น (Sanzen) หรือ โกอัน หมายถึง เอกสารข้อมูลที่รับรู้กันโดยทั่วไป (public document) มักจะเป็นเรื่องราวของอาจารย์เซ็นในอดีต หรือบทสนทนาระหว่างอาจารย์กับศิษย์ มักเป็นปริศนาธรรม ใช้เป็นเครื่องมือทำลายความคิดทางตรรกะ เพื่อที่จะช่วยนำผู้ปฏิบัติไปสู่ความเป็นจริงแห่งเซ็น
3) ม็อนโด (Mondo) คือการถามและการตอบอย่างอย่างทันทีทันใด โดยไม่ใช้ระบบความคิดหรือเหตุผลไตร่ตรองว่าเป็นคำตอบที่ดีหรือไม่ อาจารย์จะเป็นผู้ตั้งคำถามและพิจารณาคำตอบที่ลูกศิษย์ตอบในขณะนั้น
รินไซเซน
รินไซเซนเป็นเซนหนึ่งในห้าสายหลักของเซนสายใต้ ปรมาจารย์ของเซนสายนี้คือท่าน หลินจิ อี้เสวียน ท่านเป็นศิษย์ของปรมาจารย์ ฮวงโป ซนสายนี้รุ่งเรืองทั้งในและนอกประเทศจีน ในญี่ปุ่น ท่านเมียวอัน เออิไซ เป็นผู้นำเข้าไปเผยแผ่ ในญี่ปุ่น ในราวปีค.ศ. 1191 ท่านติช นัท ฮันห์ ปรมาจารย์เซนยุคปัจจุบัน ชาวเวียดนาม ก็เป็นหนึ่งในผู้สืบทอดเซนสายนี้ เซนสายนี้มีลักษณะเด่นคือ มีการใช้การตวาด การฟาดตี หรือคำพูดที่รุนแรง ในการกระตุ้นให้ผู้ศึกษาบรรลุธรรมอย่างฉับพลัน จนมีคำกล่าวในญี่ปุ่นว่า เซนสายรินไซ เป็นเซนสำหรับ โชกุน ส่วนเซนสายโซโต ซึ่งนุ่มนวลกว่า เป็นเซนสำหรับชาวบ้าน